26 de Julio de 2016
Hace pocos días ISRIC World Soil Information [1] realizó la actualización de los datos espaciales (tipo raster) de suelo a resolución de 250 metros, anteriormente la resolución estaba en aproximadamente 1 km, estos datos provienen de distintas fuentes de datos y representan propiedades físicas, biológicas y químicas; por ejemplo, el potencial de hidrogeno (pH), la capacidad de intercambio catiónico, el contenido de carbono orgánico, el porcentaje de arena, suelo y arcilla, la densidad aparente, entre otras.
Los archivos se encuentran disponibles mediante un sitio web FPT (File Transfer Protocol) disponible en este enlace; estos datos es posible descargarlos mediante clic en cada archivo desde un navegador web (ej. Google Chrome, Opera, Mozilla Firefoz) o desde el lenguaje de programación R usando la librería “utils” (R Core Team, Versión 3.2.2.), la ventaja que ofrece R respecto al navegador web es que es posible optimizar la descarga haciendo uso de iteraciones, lo que evita el hacer uso de clic en cada archivo del sitio web [2].
install.packages(«utils»)
library(utils)
for (nomen in c(«CECSOL»,»CLYPPT»,»CRFVOL»,»ORCDRC»,»PHICKL»,»PHIHOX», «SLTPPT»,»SNDPPT»,»ORCDRC»)) #se varia acorde al tipo de variable
{
for (i in 1:7)
{
code=paste0(nomen,»_M_sl»,i,»_250m_ll.tif»)
url=paste0(«ftp://ftp.soilgrids.org/data/recent/»,code)
download.file(url, destfile = paste0(«E:/ISRIC/»,code), mode = «wb»)
} #la URL es el enlace web desde donde se descargan los archivos raster y varia acorde al perfil de la variable, el «destfile» es el archivo donde se van a guardar los datos en el disco duro del pc y el nombre es el mismo del raster, el mode es wb para que sea reconocido como archivo espacial
}
En este sentido, el objetivo del presente tutorial es realizar la descarga de la mayoría de archivos raster [3] de suelos a resolución de 250 metros mediante un ciclo (for) en R, para ello necesitamos la librería “utils” y una buena conexión a internet.
Apenas se ejecuta el código se comienza la descarga desplegándose lo presentado en la siguiente figura en caso que se esté utilizando la interfaz de RStudio.
Para tener en cuenta:
[1] ISRIC es un sistema para el mapeo automatizado del suelo basado en perfiles de suelos globales, la base de datos comprende archivos raster del mundo a 1 km y 250 m de resolución espacial producida mediante la asignación automática del suelo basada en algoritmos de aprendizaje automático. Para leer más: Hengl, T., Mendes de Jesus, J., Heuvelink, G. B.M., Ruiperez Gonzalez, M., Kilibarda, M. et al. (2016) SoilGrids250m: global gridded soil information based on Machine Learning. Earth System Science Data (ESSD) in review.
[2] Desde cualquier navegador web solamente es posible realizar dos descargas a la vez.
[3] Debido a los nombres de los archivos raster de tipo de suelo no es posible realizar la descarga optimizada mediante el ciclo, pues el nombre del archivo varía considerablemente.
Gracias @AndresAgui90 por su grata ayuda en la elaboración de este tutorial.
SIG con R - Tutoriales 